襲擊濟州島的是高麗水軍。自在耽羅海戰中被重創，又遭到霹靂軍艦隊和私掠船隊連續打擊之後，高麗王室老實了不少，不過他們並沒有丟掉報複的想法。表麵上高麗對霹靂軍表現的十分友好甚至恭順，實地裡卻在暗暗發展水軍。為了掩藏其意圖，他們將造船廠設在了內水河灣中，且所造的都是與漁船商船一樣的輕快小船。他們深知，在與霹靂軍的戰艦麵前，龜船等大型戰船反而不如這些輕快船。
經過數年的隱忍發展，高麗水軍又重新發展到五百餘艘輕快戰船七千水兵的規模。忽必烈為了牽製霹靂軍，責令高麗攻擊濟州島時，高麗王室百般推脫，任蒙元使者如何威逼利誘就是按兵不動。他們知道自己這點戰船和水兵，在北海艦隊麵前根本就沒有一戰之力，更何況濟州島上還有霹靂軍的陸戰軍。貿然進攻，不僅辛苦攢下的水軍會全軍覆滅，甚至招來滅國之禍。高麗王室狂妄而自卑，但他們卻不傻。
當吳青率軍在直沽登陸，北海艦隊主力戰艦儘數離開濟州島之時，高麗王室終於按捺不住心中仇恨了。在他們看來，霹靂軍艦隊強大，但絕不是蒙古人的對手。棄水師之長而登陸作戰，更是必敗無疑。由於信息滯後，此刻的他們並沒有得到元軍水師被霹靂軍打殘的消息，而是堅信霹靂軍終將被蒙元軍隊蕩平。既出於複仇的渴望，也出於向蒙元主子邀功的心理，更因為對財富和先進技術的覬覦，高麗王室下令水師傾巢出動，務求奪回濟州島。當下的濟州島，不僅有大片的糧田和養馬場，還有工廠礦山和造船廠，甚至還一座兵工廠。作為北方公司的總部，這裡商貿設施完善，港口倉庫中堆放大量的藥材、毛皮、醃魚醃肉，海獸油脂和木材。
高麗人沒有攻擊耽羅港。他們知道港口隻有寥寥幾艘護衛船，城中守軍也不過千人，但要塞和塔樓上卻安放在威力巨大的火炮，即便頂著傷亡攻進港口，也攻不進這些堅固的防禦工事。故高麗人將水軍一部分停在了耽羅外海，以狼群戰術襲擊向直沽運送彈藥糧草的運輸船，大部分則在防禦薄弱海岸登陸。濟州島雖然海岸陡峭，但也有不少地方可停靠小型船隻。高麗水兵登陸之後，四處搶掠集鎮、村莊和軍馬場。島上的軍力薄弱，隻能守住耽羅城和少數據點。濟州主政的王舜臣眼見情況不妙，隻得收縮兵力防守。進攻濟州的高麗軍人數雖多，卻對堅城利炮無可奈何。
不到半月時間，高麗軍便控製了濟州島的大部分區域。他們攻不下耽羅城，便將氣撒在手無寸鐵的百姓身上。劫掠到的軍馬用船隻運走，雞犬豬牛殺了吃肉，金銀財物和糧食統統打包帶走，帶不走的東西則全部付之一炬。高麗軍極其殘暴，比元軍有過之而無不及，他們對濟州島上的人——不管是否高麗人，統統一視同仁。未來得及逃走的百姓遭了大罪——婦女被奸淫，青壯男子被擄為奴隸，老人兒童則被殺掉。
在高麗水軍封鎖之下，耽羅港不得不停止了向直沽運輸糧草彈藥。運輸船即便僥幸衝出了港口，也會在路途之中遭到襲擊。北海艦隊的戰艦一部分留在直沽，一部分前去攻打漣、海州等兩淮元軍，護航的戰艦並不多。麵對高麗水軍飄忽不定的行蹤和一擊得手便退的狼群戰術，護航戰艦也是十分頭痛，雖擊沉了數十艘敵人的輕快船，但已方也損失了數艘大型運輸船和十餘艘中型運輸船。這些船上滿載的彈藥糧草，對於通州和兩淮前線的戰事來說至關重要。
麵對高麗的暴起發難，張宣急率北方艦隊主力回援，黃大根也下令征調東海、北海甚至海參崴附近活動的幾支私掠船隊前往濟州島和小流求。之所以在濟州危急之時，讓私掠船隊前往小流求，是因為後者也遭到了倭人的襲擊。相對濟州島，小流求的麵積更小，人口和駐軍也更少，而倭人襲擊者的人數更多，情況也更危急。據急報，襲擊小流求的倭人不僅有海盜和薩摩藩的海商私兵，還有倭國的水軍，總共有戰船千艘水兵過萬人。
倭國的天皇隻是名義上的統治者，其實際權力掌握鐮倉幕府之中。在向在向小流求進攻的同時，鐮倉幕府掌權者北條時宗下令沒收霹靂軍在倭國的金銀礦和伐木場，驅逐霹靂軍使者。薩摩藩的領主也有樣學樣，將其領地內的霹靂軍商號、貨棧和商船全部沒收，管理人員和水手皆被殺害。實際上，與霹靂軍經商的這些年裡倭國獲益菲淺，經濟也日益繁榮，薩摩藩更是借助倭國貿易中心的優勢賺得盆滿缽滿。倭人之所以與霹靂軍突然翻臉，除了受忽必烈的鼓惑，也是因為垂涎大小流求的財富與技術。他們深信元軍與霹靂軍決戰，後者必然敗北，眼下正是爭搶大小流求的最好時機。
揚州城中的霹靂軍高層得到這個消息皆異常憤怒，歐陽軒更是怒不可遏，當即下了三道法令一是對於入侵濟州和小流求的敵人，不投降者一律就地格殺；二是是宣布高麗和倭國不受霹靂軍法律保護。這道命令看似蒼白無力實則威力無窮，這意味著不管是霹靂軍正規軍還是私掠艦隊，不管是士兵還是冒險者，可以在兩國肆無忌憚的燒殺搶掠。後者本就無法無天，此令一出恐將兩國沿海攪得天翻地覆；三是宣布倭國和高麗為海盜之國，任何船隻未經允許不得進出兩國，否則一律擊沉。在霹靂軍掌握製海權的情況下，這意味著兩國的海貿和漁業徹底完了，這對以海貿為經濟命脈的薩摩藩來說，無異於釜底抽薪。
韓非子雲“國小而不處卑，力少而不畏強，無禮而侮大鄰，可亡也”，用來形容高麗和倭國再合適不過了。自開發流求以來，這兩國對於霹靂軍商隊多有刁難，勒索敲詐乃是常事，還在臨安政權和蒙元的慫恿下，動輒扣押霹靂軍貨物和人員。出於和氣生財，也為了爭取其抗蒙或保持中立，霹靂軍高層一直采取寬忍的姿態，以致北海艦隊內部出現了不同的聲音，認為主政流求的前後兩任都督餘柱和黃大根都軟弱，甚至有人以此向歐陽軒控訴兩人。既然這兩國要與蒙元沆瀣一氣，那霹靂軍也就沒有客氣的必要了。歐陽軒決定要借這次機會，將高麗和倭國徹底馴服。
得到濟州和小流求遭襲的消息時，張宣當即下令準備回援，此時他已攻下海州和漣州，正在肅清兩淮和山東沿海的元軍殘餘水師和海盜。當接到歐陽軒軍令時，他當即率北海艦隊主力離開駐錨地，向著東北方的茫茫大海急速而去。
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