伯顏身死意味著偽政權的覆滅。奪下臨安城後，歐陽軒又下令諸軍前去掃蕩偽政權殘餘勢力。大軍兵鋒之下，偽政權的餘孽紛紛投降，負隅頑抗的遭到無情打擊下，隻有少數死硬分子裹脅著百姓，逃入深山老林。到霹靂二十年七月之時，數十萬偽軍被消滅，偽政權統治體係也灰飛煙滅，江南諸路的州縣城頭皆插上了霹靂軍的旗幟，絕大部分地域也被霹靂軍控製。之所以是絕大部分，是因為仍有兩支偽軍在福建路、江南西路和廣南東路的幾個州縣活動
在福建路和江南西路交界處活動的是阿剌罕所率的殘軍。從臨安前往福州之時，阿剌罕手下有一萬精銳，另有數萬運送糧草的民夫。經過一係列慘敗之後，其士卒隻剩下了三千人，而民夫皆儘逃亡。福建與江西交界處山高林密道路崎嶇，借著複雜的地形，他們屢屢逃過追擊，數次跳出霹靂軍設下的包圍圈，甚至給追擊的霹靂軍造成不小的損失。隻不過這裡人煙稀少，田少地貧，根本就搜刮不到多少糧食，其餘物資補給更是無從談起。如此困境之下阿剌罕仍不肯投降，為了擺脫缺糧困境，他派人四處搶掠。雖然山中寨子險固，民風又剽悍，強攻之下損傷不小，但總比過餓死強。阿剌罕還下令殺馬充作食物，除可以節省糧食外，也因為山區地形並不適合騎兵作戰，留著戰馬反而會消耗大量的糧食。
追剿阿剌罕也令霹靂軍頗為頭痛。敵人在茫茫大山之中蹤跡難尋，即便發現人員蹤跡，還未靠近敵人便遠遠遁去。更要命的是崇山峻嶺之中輜重運輸殊為不易，運輸火炮更是十分艱難。而如果沒有火炮，敵人可以憑借地形優勢阻擋大軍前進，更何況阿剌罕還在伏擊洪福時繳獲了包括機槍在內的不少武器。雖然敵人對這些武器操作不熟練，彈藥量也不多，卻也對追擊的霹靂軍構成了極大的威脅。唯有火炮將運來前線才能讓擊破敵人，但這樣又會大大拖慢進軍的速度。
歐陽軒深知山區剿敵難，特彆是阿剌罕采取流竄作案，這種類似於遊擊戰的戰術極難對付。為此他下令采取四麵合圍之法，在交通要道築堡，將敵人包圍在兩三個縣的地域內，以步步緊逼的方式逐漸縮小包圍圈。除此之外，霹靂軍還派人潛入各山寨，偵察偽軍的活動情況。霹靂軍情報人員帶去的手雷、地雷等火器，也大大增強了各山寨的防禦力，使得偽軍搶劫山寨的難度大大增加。為了幾日的口糧而死傷慘重，這種賠本的買賣，對偽軍來說實在是得不償失。
另一股殘存的是在李恒所率的八千偽軍，他們在播州軍的追擊下一路狼奔豚突。自被楊邦憲驅離韶州之後，李恒率軍一路往南逃竄，在廣南東路四處劫掠，終在逃到梅州附近時停了下來。他並不是要在經營，而是其部被追殺數月早已筋疲力竭，實在逃不動了。嶺南的暑季燥熱難耐，這對來自北方的李恒軍來說不蒂是酷刑。與阿剌罕殘部一樣，李恒殘部也以蒙古色目人為主，這些人十分死硬，戰力彪悍異常，但終究是水土不服，不少人紛紛病倒。同樣來自北方的戰馬也不適宜暑熱氣侯，長期高強度作戰加上糧草不足，使它們接連倒斃。李恒軍為了逃命早就拋棄了糧草輜重，劫掠的糧食僅夠維持基本需求，根本沒有足夠的豆麥讓戰馬不掉膘。
嶺南的諸州府之中以廣州的條件最好，不僅人口眾多，糧食和物資也不缺。李恒也曾試圖將廣州作為盤崌之地，即便立不了足也可以搶劫一番後離去。其部曾兵臨清遠，騎兵甚至突進到廣州附近的番禺，卻遭到迎頭痛擊。蒙古色目騎兵驚愕發現，番禺城牆上竟然響起了密集而刺耳的聲音，那正是讓他們吃足了苦頭的機槍聲。小小的番禺城也有了機槍，那廣州城自然也會有。左思右想之下，李恒放棄了前往廣州的打算，命令全軍折向梅州。那裡雖然貧窮，山區地形也不適合騎兵活動，但氣侯比水網密布的廣州稍顯涼爽一些。隨著大軍越往南進發，氣侯也愈發濕熱，僅僅是單純的行軍，就已讓大量偽軍士兵中暑倒地。
酷熱天氣也讓播州兵行軍艱難。眼見不斷有士兵中暑和患病，楊邦憲隻得下令放緩追擊的速度，並選擇在涼爽的早晚行軍。他接到的歐陽軒指令是，將李恒軍逼到梅州和潮州一帶，以與江西、福建路而來的霹靂軍一起將之圍殲。歐陽軒在信中告訴他，廣州城已有一個營的霹靂軍偵察部隊，他們在武裝商隊的協助下，又有數千宋軍配合，雖無力出擊但能守住城池。楊邦憲由此猜測，在番禺城用機槍痛揍蒙古色目騎兵的，正是這些偵察兵。信使還告訴楊邦憲，瓊州島的一個預備役團也即將乘船抵達廣州，而石中樹親領的一個輕步兵團，也已從交趾啟程前來嶺南。
以梅州為根據地休整了兩月，李恒部偽軍並沒有恢複元氣，反倒陷入了死亡螺旋。他們的暴虐讓梅州了人間煉獄，濫殺之下鄉村處處白骨，城中血跡斑班惡臭撲鼻，使得瘟疫蔓延。蒙古色目兵本就因暑熱精神萎頓，那裡經得起疫瘴侵襲，紛紛患上瘟病。隨著惡疾的流行，偽軍甚至連出城搶掠糧食也無兵可派，到後來甚至缺乏掩埋病死者的健康人。李恒眼見情況不妙，偷偷挑了幾十名身體康健的親兵溜出城，往潮州方向逃去。誰料逃了幾日，跟隨的親兵也開始病倒。當他逃到海邊一個叫南澳的地方之時，又遭到了一夥盜匪的襲擊。那些盜匪聽不懂他夾生的漢話，更聽不懂他嘰哩哇啦蒙語，不耐煩之下直接刀矛加身，將其刺成了透明窟窿。此時他身邊僅剩的三名親兵，也被儘數殺死。
當十月天氣漸漸轉涼之時，困餓日久的阿剌罕部偽軍日子變得更加艱難。福建和江西交界處的山區本就缺糧，在霹靂軍的嚴密封鎖下更是物資匱乏。剛開始之時，偽軍們還可以殺馬充饑，加上搶來的糧食和采摘來的野果野菜，倒也勉強支撐得下去。夏季過後山中萬物凋零，食物來源愈發減少，馬肉也吃完了，也搶不到糧食了。苦捱之下，不少士兵餓得麵黃肌瘦，紛紛在病餓之下倒斃，剩下的連拿刀槍也十分費力。更要命的是，阿剌罕將為數不多的糧食優先給了自己的親兵，這激起了普通士卒的憤恨。饑餓之下，不少偽軍士兵結偷偷下山投降。阿剌罕也曾率親兵阻止，可那裡阻止得過來。
當冬天的第一場雪到來之時，阿剌罕也走向了了覆滅。此時的他手剩下了一百餘名手下，而糧食也在五日前耗儘，士兵僅靠草根樹皮過活。阿剌罕性格倒也光棍，知道失敗無可挽回，便告訴手下可用他的腦袋下山投降，說完便拔刀自刎。其一眾手下噓唏之後，割下他的頭顱往山下而去。事實上阿剌罕如果不自殺，也會有人拿他的腦袋作投名狀。