打天下易，治天下難。眼下漢地雖平，卻不代表著可以高忱無憂。實際上，歐陽軒等一眾霹靂軍官員肩上的擔子更重了。擺在他們麵前事務繁多，迫在眉睫的便有幾件軍國大事。第一件要事是大江南北新光複地區的政權重建。第二件要事是剿滅各地多如牛毛的山賊、強盜和水匪。第三件要事是準備收複遼東、漠南、河套平原、河湟穀地及河西走廓，還要籌備進軍西域和漠北事宜。第四件事則是處置降軍和偽政權的官員，妥善處置前朝的皇室官員及追隨的百姓。
重建政權看似簡單卻是不易，主要是因為人才缺乏。新建各省及州縣政權的設置與巴蜀一致，主要包括政府、議會、地方軍守備軍力、學校和醫院等機構。政府官員可以從巴蜀等七省抽調，這些官員既有新思想新理念，又能躬身一線與普通民眾同吃同住，解決實際問題，根本不是蒙元或宋帝國的那些官老爺可以比擬的。當然霹靂軍官員選拔的標準是唯才是舉，除了外調官員外，也在各地以公開方式選拔青年才俊進入官員係統。這些通過考試選拔的後備官員，將前往崇慶府學習一至三年後，充實到縣鄉、工廠礦山、商隊等基層進行曆練，並憑政績得以升遷。
各省和州縣的議員由則地方進行推舉。為了防止議會被地方豪族所把持，霹靂軍規定各省和州縣官員實行異地任職。地方議會的議員要根據人口比例，各個行業和階層皆要有代表。同時特彆規定，同姓宗族即便人口再多，也最多隻能有一個代表，以防議會被世家大族所操控。議會之中的議長及負責監督官員的議員，不得與當地主要官員有親戚或姻親關係，如有必要這兩個位置可由霹靂軍議會指定，或由外地調任。地方議會通過的任何決定，都不能與霹靂軍的大政方針和法律相衝突，除此之外可以製定適合地方實際的法令。
地方守備的軍力組建相對容易。在霹靂軍掃蕩大江南北的過程中，既有以張貴的兩淮義勇軍為代表的義軍歸附，也有高達、薑才為代表的歸附宋軍，還有以張弘範為代表主動投誠的蒙元軍，總人數達二十餘萬人。地方守備軍將從這些義軍中遴選一部分，再新招募一部分，軍官則由退役的霹靂軍軍官或士兵擔任。按照每省一個團，每府（州）一個營，每縣一個連的規模設置，總兵力約五萬人左右，其訓練與正規軍一樣，配置包括輕型火炮在內的火器——當然是野戰部隊淘汰的二線裝備。這些守備軍力既是軍隊的預備役，也是地方的治安力量。
學校和醫院的設置便麻煩了許多。雖然南北漢地皆有官學和醫館，江南富裕地區更是文脈深厚，也有數量可觀的讀書人。但不管是蒙元還是南宋的教育醫療理念和水平都十分落後，無法適應發展的需要。霹靂軍做的不是修補兩個政權留下的教育醫療體係，而是要將其推倒重建，這意味著需要大量的專業人員。即便便巴蜀等省大規模抽調，人員缺口一時間也難以解決。為此歐陽軒簽署了專門的法令，一方麵在各省和州府籌建教育和醫生的師資速成培訓學校，另一方麵由各省大規模選派人員到巴蜀三省進行學習。
剿匪之事也頗令人頭痛。蒙元政權重罰輕教，加上不平等的民族政策和漢軍世侯的壓榨，北方不少漢民被迫落草為匪。南宋政權法治崩壞，在腐敗官員和豪強大族的盤剝下，不少百姓走投無路之下，成為多如牛毛的山匪水賊。蒙元政權退回草原和伯顏的偽政權滅亡的過程中，產生了不少的逃兵潰兵，這些人也盤崌水泊或嘯聚山林。除此之外，五鬥米教、白蓮教的餘孽也趁著這混亂時期，以宗教巫術為幌子，自稱天命所授，鼓惑裹脅了大批信眾，試圖割據一方。歐陽軒下令諸軍務必要儘快將消滅責任區域的匪患。
在剿匪的措施上，霹靂軍采取了政治招撫和軍事打擊並重的方式。據估計，大江南北共有數千股大大小小的土匪團夥，少者數十餘人多者上千人，總人數逾百萬人。如此之多的土匪要全部殺掉也不可能，況且他們中多數人手上並沒有沾有鮮血。事實上，這些土匪團夥絕大部分是機會主義者，平時務農捕漁，隻有商隊路過或絕糧時才會下山搶劫。畢竟搶劫也是個**險之事，稍有不慎便會掉腦袋。
按照歐陽軒的要求，各軍在使用武力之前，往往會讓人給土匪們帶話，讓他們主動投降並承諾從輕發落。按照剿匪政策，除罪大惡極者都可以活命，並在服完刑期之後分配給土地。這個政策對普通土匪來說極具有誘惑力，比三天餓九頓的土匪日子好的實在太多。霹靂軍對匪首或罪大惡極的匪徒開出高額懸賞令，用鈔能力對付頑匪。除此之外，霹靂軍還出台了將功補過政策，根據土匪功勞的大小，可以免罪甚至直接授以低階官職。土匪的內部分高低貴踐，又沒有法製約束，行奉的是武力至上的叢林法則，普通土匪動輒被打罵，被砍被殺也是常有的事，這讓盜匪團夥內部存在著不可調和的矛盾。懸賞令和將功補過政策，將會分化瓦解匪眾，甚至讓其內訌。
在多如牛毛的土匪團夥中，歐陽軒對於打著宗教旗幟的土匪十分警惕，為此他下達了將五鬥米教、白蓮教的頭目和骨乾全部就地斬殺的絕殺秘令。話說這些神棍往往披著宗教外衣，以小恩小惠吸引民眾，又利用小把戲障眼法欺騙信眾，表麵上眾生平等，實則等級森嚴。他們打著反貪官汙吏旗幟，實在為個人野心。更重要的是，這些神棍十分擅長見風使舵，他們表麵悔改實則冥頑不化，一有機會便會再次興風作浪。這些擅長鼓惑之徒，即便被流放到苦寒的鮮卑利亞和數萬裡之外的新大陸，也有可能繼續興風作浪，歐陽軒實在放心不下。
神棍之外的土匪，霹靂軍高層早已討論過了他們的去處。輕罪之人將就近服苦役，修建學校、醫院等公共設施。苦役刑期結束之後，則會安置到漠南草原、遼東和河西走廊的屯墾點；罪行稍重的，被派往建築工地，修建道路、橋梁、商貿驛站和軍事堡壘。他們服完苦役之後，安置地點則是在西域、漠北草原，蝦夷島和渾同江以北的生女真故地；重罪犯服役地點則是礦洞，服役完後，則就近安置礦山附近的州縣。雖然挖礦期間不缺吃喝，也有必要的醫療保障，但長期在黑暗的礦井下高強度勞作，他們服完苦役後健康狀況必然不會好，如果將之安置在苦寒之地，隻會死在前往目的地的途中。