巡撫、提督有權兵權，但無統兵權。參將，遊擊，守備，都司等中下層軍官統領自己管轄內的軍隊，但沒有調兵權，形成相互製約的管理體係。
陝西的情況特殊，三邊總督和巡撫節製提督，總兵高級將領，提督節製參將，遊擊，守備，都司等中下層軍官官。三邊總督，巡撫、提督都有調兵權，但沒有統兵權。參將，遊擊，守備，都司等中下層軍官統領自己管轄內的軍隊，但沒有調兵權。
另外，凡省提督，總兵，副總兵的選拔任用均由朕和樞密院決定，不足之處，諸卿補充。”
此事，楊肇基，孫承宗無過錯，意見相左，無非立場各異。
此間，他還有許多話未說，鎮戎之所以形成藩鎮，除兵權外，最重要是就地征稅，三邊總督沒有財權。
沒有兵權，無疑是釜底抽薪。
朝廷設大戶部，後勤部，轉運使，其目的為保障兵勇軍餉，糧草，裝備，軍服，屆時，兵勇自然隻認朝廷。
未來擊潰建奴，滅掉套寇，收複西域，他將拆分三邊總督。
三邊總督在甘肅有肅王牽製，又難以乾涉參將，遊擊，守備，都司統兵，京師還駐紮京營，五軍。
若還讓三邊總督掀起浪花，他乾脆直接禪位給崇禎。
百官竊竊私語討論，楊肇基察覺皇帝安排更傾向武將，趁熱打鐵說：“陛下英明，諸事尚可，末將鬥膽請求該儘早進行官吏任命，趁機劃分出樞密院各大都督管理的疆域。”
此言出，兵部尚書朱童蒙出聲附和：“陛下軍製安排大方向沒錯，即使有錯，朝廷在框架內修正。”
此言出，孫承宗，李國普，李邦華，吳牲等各自頷首，認可朱由校的安排，亦認可朱童蒙的說法。
沒有完美的製度，朝廷軍改製定好大框架，將來推行中查漏補缺。
頃刻，百官齊刷刷望向朱由校。
設樞密院，分陸軍，水師二部，共八大都督，提拔任免均關乎朝廷文武格局，武將格局。
甚至，朝廷權力會進行重新洗牌。
龍椅上，朱由校早在思索人事安排，內心微微犯難。
目前，朝廷缺乏獨當一麵的將領，真正能用的袁可立，袁崇煥，王之臣，還全進士出身的文官。
近來楊肇基為首的武將表演亮眼，然而，也唯有楊肇基。
趙率教，滿桂，朝廷另有他用，曹文詔，賀人龍，左良玉，祖大弼，周遇吉、孫守法、曹變蛟、左良玉、黃得功，金國鳳，高傑等尚未崛起。
從陝西起義軍刷經驗的洪承疇，陳奇瑜，楊嗣昌，鄭崇儉，孫傳庭等文官，尚未有獨當一麵能力。
何人填充樞密院，主持大明軍事，他有點犯難。
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